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臨床検査技師の平均給与は、年収450万円程度。月収では30万円程度で、プラス賞与が２～５カ月。残業代や夜勤手当などが別途。首都圏に比べ地方都市では月収で２万円ほど低くなる傾向があり、勤め先や年数、経験、専門性による差があります。
給与・賞与
統計による平均は約32万円／月 ※臨床検査技師の月額給与 （厚生労働省「平成27年賃金構造基本統計調査」）
統計によれば、臨床検査技師の平均年齢は38.6歳で、勤続年数は10.6年、労働時間は162時間／月（超過労働11時間／月）、そして給与は31万9200円／月で、賞与が85万300円／年、平均年収は468万700円。
年収の上昇と男女差など
臨床検査技師の年収は、年齢とともに上昇する傾向にあります。例えば、20代前半では年収の平均が320万程度（男女差はわずか）ですが、50代後半の男性は743万円、女性は556万円となっています。なお、男女別の平均年収は男性514万円、女性449万円です（厚生労働省「平成27年賃金構造基本統計調査」）。
このように、男性も女性も、年収は年齢とともに上がっていきますが、女性は男性よりも上昇はゆるやかです。ただし、女性は一度仕事をやめ、子育てが終わったあとで復帰するなど、長年勤務する男性とは異なる事情もあると思われます。
職場別の差
統計によれば、臨床検査技師の年収は、勤務先の事業所の規模が1000人以上だと高くなる傾向にあります。10～99人の事業所に勤める臨床検査技師の平均年収は415万円、100～999人規模は431万円、1000人以上規模は540万円（厚生労働省「平成27年賃金構造基本統計調査」）で、かなりの差があるようです。
また、病院や検査センター勤務に比べると、医療系企業で働く治験コーディネーター（CRC）や臨床開発モニター（CRA）、アプリケーションスペシャリストのほうが給与は高い傾向があります。
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